Возведенный в сан иеромонаха, преподобный Никон вернулся в Троице-Сергиеву Лавру и стал любимым и близким учеником преподобного Сергия. Видя духовную зрелость и опытность преподобного Никона, преподобный Сергий перед смертью назначил его своим преемником.

Став игуменом, преподобный Никон поддерживал все, что было установлено учителем: молился и постился, трудился наравне с братией, о которой с любовью заботился.

При преподобном Никоне 5 июля 1422 г. были обретены нетленные мощи преподобного Сергия Радонежского.

Преподобный Никон скончался 17 ноября 1426 г. и был погребен близ раки своего учителя. В 1560 г. над могилой преподобного был построен храм во имя его. Мощи преподобного Никона, почивающие здесь под гробницей, отделяются от раки великого Сергия одной каменной стеной.